يُترك شينجي إيكاري في غيبوبة عاطفية بعد وفاة صديق عزيز. مع ابنه غير قادر عقليًا على قيادة الروبوت البشري Evangelion Unit-01، يتسابق Gendou Ikari's NERV ضد منظمة الظل SEELE لمعرفة من يمكنه تنفيذ خطتهم النهائية أولاً. يرغب سيلي في إنشاء كائن يشبه الإله من خلال دمج أرواحهم في وحدة إيفانجيليون، بينما يرغب غيندو في إعادة البشرية جمعاء إلى كائن بدائي واحد حتى يتمكن من لم شمله مع زوجته المتوفاة يوي. تطلق سيلي العنان لقواتها العسكرية في غزو مميت لمقر نيرف. بينما تقوم قوات SEELE بقتل علماء NERV وأفراد الأمن، تقود Asuka Langley Souryuu وحدة Evangelion Unit-02 في موقف أخير يائس ضد أثقل أسلحة SEELE. تحتدم المعركة، ويختبئ شينجي المكتئب في أعماق مقر نيرف. مع مصير العالم بين يدي شينجي، تبحث الكابتن ميساتو كاتسوراغي عن الصبي المراهق بينما ينهار المجتمع من حوله. [كتبه MAL إعادة كتابة]